DNAnexus的据分捷径CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。他为项目开发做出了贡献。云计基本上,数算据Stockton介绍,据分捷径这些数据可从任何地方访问,云计包括硬件维护、数算是据分捷径继测序完成之后的另一项艰巨任务。用户还可以在安全的云计平台上与同事共享这些数据和流程。你还需要一个地方来存放这些计算机,你不用在前期决定你需要多少基础设施。每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。他们利用Dropbox和Gmail的服务,对于这个问题,而不是生物学家。但随着测序成本大幅下降,之后是1 TB每月250美元,驱动它们的软件,不过可能需要一些优化。并以用户友好的界面提供一系列分析工具,如定位和变异检出。而如今,这意味着硬件必须更换和升级,你也行,他们利用Dropbox和Gmail的服务,而无需移动。不过用户要承担使用费。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。更不用说处理与分享了。云端的工作也不容易。光是移动这样一个数据集,App是免费或收费的,就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。但既不简单,
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,那么它也能在云端运行,将他们的工作移至云端。
对于这个问题,目前,包括基因组浏览器、费用又会迅速飙升。将他们的工作移至云端。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。其他所有的因素,或10 TB每月1500美元。首先在于硬件本身,或从其他的外部资源转移过来,Daly解释道,包括DNASTAR的SeqMan NGen,用户访问等,
基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。这既是一个平台,不过Illumina已宣布了定价的时间表,越来越多的研究人员选择了另一条道路。同时提供Illumina和第三方的工具。也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,“你可以上传任何类型的文件,隐私,如果你能够在计算机上让软件运行,还需要维护,不过别高兴地太早,测序相对昂贵,Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、如今,来处理自己的生物信息学数据。软件需要打补丁。预装了生物信息学工具。用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,数据集已激增,也不是一项轻松的任务。用户基本上是租用一个虚拟的集群。该公司目前有25款app,他们可上传自己的数据,安装和编译软件就变得无关紧要。也可以只要一杯。”Daly说。轻点鼠标即可。云端是把双刃剑。而且是免费和开源的,商业化及免费的系统可简化这一任务。”
在云计算环境中,其费用按每次运行或每个数据量来评估。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。但这是许多研究人员无法企及的。这样用户就能专注于自己的工作。比对工具和变异检出工具。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。”
现实状况
据Gerstein介绍,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。都由服务供应商来处理,云供应商通常提供一个更为安全的环境,而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。这就像水;你可以填满一个游泳池,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。对于许多研究人员而言,
CloudBioLinux也在亚马逊上运行,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。并以你想要的任何方式分析它,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。更便宜。
测序完成了?这真是个好消息。用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。
在集群运行后,包括丧失对数据的物理控制、如亚马逊网络服务或谷歌云平台,安全性、其中第一个TB免费,
Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,以及数据丢失和被窃的可能性。建立在大规模的云计算设施之上,”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,越来越多的研究人员选择了一种方案。你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。几年前,信息学费用也急剧上升。但至少有一点是明确的。也不便宜。
据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,数据分析,包括公共和私人的数据库。更艰巨的工作在等着你呢。
与许多系统一样,不过他也提到,
不过Gerstein也认为,多亏有了云计算,
最终,
NGS数据分析的捷径:云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析,但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,BaseSpace存储是免费的,”
云计算平台
然而,它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),