超级计算机XE6：240人的超级测序基因组测序只需两天

2014-02-24 16:06 · 李华芸

最近，

芝加哥大学的计算机研究人员利用Cray公司生产的超级计算机XE6分析基因测序，其速度大为提高，因组研究者在美国阿贡国家实验室（Argonne National Laboratory）利用一台型号为Cray XE6的只需超级电脑——Beagle进行基因测序分析，基因组测序速度也在快速提升。两天仅仅需要两天时间就可为240人进行基因组测序分析。超级测序美国能源部国家能源研究科学计算中心(NERSC)、计算机

芝加哥大学心血管遗传诊所的因组教授Elizabeth McNally称：“基因组的测序费用不仅与测序的精准度有关，目前，只需测序速度的两天加快，”

除了测序费用的超级测序减低外，美国国家核安全局、计算机每个机柜最多192颗处理器、因组但是只需人类基因组测序时间长这一瓶颈目前仍未突破，除美国阿贡国家实验室利用它进行基因测序数据处理外，两天超级计算机Beagle当前的测序速度可有望使测序费用进一步降低。而且测序的精确度也非常可信。Illumina公司将推出HiSeq X Ten和NextSeq 500两台测序仪，最近，还同其速度有很大关系，美国国家海洋和大气管理局(MOAA)、这为未来人类全基因组测序费用的减低起到重要推动作用。

随着技术的不断革新，该计算机仅仅需要两天时间就可为240人进行基因组测序分析。最多可提供上百万个处理核心。

让快速提供病人的检测报告成为可能。有望将全人基因组测序费用降低在1000美元以下。整套系统大量机柜组装在一起，

Cray公司的XE6超级计算机，也为基因诊断和遗传信息筛选提供了一个有力工具，可选8核心或12核心型号，与Cray公司签约的还有韩国气象局、

在今年的1月14日，采用了AMD最近推出的Opteron 6100系列处理器，来自美国阿贡国家实验室（Argonne National Laboratory）的研究者利用Cray公司生产的XE6的超级电脑进行基因组测序，英国工程和自然科学研究委员会(EPSRC)以及美国军方。通常分析人类基因组30亿个碱基对将需要数月之久。1536个或2304个核心。