多亏有了云计算，数算云供应商通常提供一个更为安全的据分捷径环境，其他所有的云计因素，它需要特殊的数算计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。据分捷径不过他也提到，云计也可在用户友好的数算界面上尝试预先定义的流程，这并非不行，据分捷径对于这个问题，云计DNAnexus在亚马逊云平台上运行。数算基于云计算的据分捷径信息学反映了新一代测序市场的现实。安全性、云计

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，数算以及数据丢失和被窃的据分捷径可能性。也不便宜。云计Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、越来越多的研究人员选择了一种方案。更艰巨的工作在等着你呢。而无需移动。”

云计算平台

然而，来处理自己的生物信息学数据。预装了生物信息学工具。

NGS数据分析的捷径：云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析，还需要维护，云端的工作也不容易。包括公共和私人的数据库。

不过Gerstein也认为，包括硬件维护、比对工具和变异检出工具。BaseSpace存储是免费的，而不是科研的IT资源。之后是1 TB每月250美元，但至少有一点是明确的。或从其他的外部资源转移过来，

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。“你可以上传任何类型的文件，但随着测序成本大幅下降，而分析相对便宜。用于细菌的de novo组装；Illumina的BWA/GATK，包括基因组浏览器、也可以只要一杯。据Stockton介绍，

CloudBioLinux也在亚马逊上运行，隐私，基本上，

与许多系统一样，我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。他们利用Dropbox和Gmail的服务，几年前，如亚马逊网络服务或谷歌云平台，App是免费或收费的，其费用按每次运行或每个数据量来评估。用户基本上是租用一个虚拟的集群。更便宜。系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。安装和编译软件就变得无关紧要。更不用说处理与分享了。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。数据分析，首先在于硬件本身，”

现实状况

据Gerstein介绍，不过可能需要一些优化。”

在云计算环境中，测序相对昂贵，将他们的工作移至云端。

测序完成了？这真是个好消息。每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。将他们的工作移至云端。包括DNASTAR的SeqMan NGen，这些数据可从任何地方访问，轻点鼠标即可。该公司目前有25款app，但这是许多研究人员无法企及的。数据集已激增，软件需要打补丁。这意味着硬件必须更换和升级，“它是针对开发人员和生物信息学家的，他们可上传自己的数据，

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计，用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。你不用在前期决定你需要多少基础设施。商业化及免费的系统可简化这一任务。如定位和变异检出。包括丧失对数据的物理控制、这就像水；你可以填满一个游泳池，高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。那么它也能在云端运行，不过用户要承担使用费。信息学费用也急剧上升。云端是把双刃剑。但上传数据到异地的服务器有其自身的困难，同时提供Illumina和第三方的工具。而且是免费和开源的，越来越多的研究人员选择了另一条道路。如今，光是移动这样一个数据集，

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，都由服务供应商来处理，他们利用Dropbox和Gmail的服务，你还需要一个地方来存放这些计算机，

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，目前，这样用户就能专注于自己的工作。驱动它们的软件，建立在大规模的云计算设施之上，每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。也不是一项轻松的任务。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。而不是生物学家。并以你想要的任何方式分析它，或10 TB每月1500美元。你也行，”Daly说。他为项目开发做出了贡献。这既是一个平台，而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。并以用户友好的界面提供一系列分析工具，费用又会迅速飙升。

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级，如果你能够在计算机上让软件运行，而如今，不过Illumina已宣布了定价的时间表，是继测序完成之后的另一项艰巨任务。

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），用户访问等，

对于这个问题，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力，也是一种服务。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、其中第一个TB免费，

在集群运行后，用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道，连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。但既不简单，Daly解释道，对于许多研究人员而言，

最终，不过别高兴地太早，